지난 일제시대부터 일본학자에 의하여 석굴암 본존불의 존명이 석가여래라고 간단히 불려왔으나, 최근의 새로운 연구에 의하면, 석굴 창건부터 서방정토의 아미타불이었다는 추정이 나오게 되었다.
이와 같은 새로운 고찰의 요점만을 간단하게 추려보면 대략 다음과 같다.

첫째로, 석가여래로 부르기 시작한 것은 일본인이 처음 우리나라에 들어온 금세기초부터이며, 그 이전까지는 '아미타불'이라고 불러왔으며, 또 그같이 신앙되어 왔다는 사실이다.

한 예로서, 1891년 신미년 석굴을 중수할 때 마련된 현판에는 '미타굴'이라 기록되어 있다. 그리고 또 이보다 조금 앞서 만들어져 오늘 석굴암에 걸려있는 '수광전(壽光殿)'이란 편액(1882년 壬午)에서도 그 같은 사실을 전하고 있다.

이것은 본래 석굴암 전실에 걸려 있다가 금세기초(1905년경) 그 전실이 붕괴됨에 따라 따로 밑으로 내려다가 그 당시 하나뿐인 이 건물에 걸었다고 짐작된다. '미타굴' 또는 '수광전'이라 한 것은 모두 이곳 본존불이 아미타불 또는 무량수불(無量壽佛), 무량광불(無量光佛)이란 사실을 가리키고 있기 때문이다. 아미타불은 따로 무량수불, 무량광불이라고 부르므로 수(壽)와 광(光) 두 자를 따서 석굴법당의 이름을 수광전()으로 삼은 것이 틀림없다.

둘째로, 본존의 양식이 보이는 우견편단(右肩遍袒)의 법의와 오른손의 항마촉지인 등 두가지 특색은 석굴암이 창건된 8세기에 신라의 아미타불에서는 가장 널리 보급되고 있던 양식이라는 사실을 들어야겠다.

오늘날 전래하는 경북 영주 태백산 부석사의 무량수전의 본존이나, 같은 경북 군위 팔공산의 삼존석굴의 본존좌상들이 석굴암 본존과 똑같은 수인의 좌상 양식을 갖고 있는 신라의 아미타불로서, 모두 석굴암 본존보다도 앞서서 조성된 사실을 들어야겠다. 따라서, 석굴암 본존은 신라석불좌상의 양식계보에서 먼저 아미타불로 고찰할 수가 있다.

그런데 처음 석굴암에 오른 일본학자가 수인(手印) 같은 점에서 속단하여 석가불로 부른 것이다. 그러나 이것은 신라 당시의 중국, 특히 신라에서는 아미타불의 수인으로 수용되어 7세기부터 크게 유행한 양식으로 보아야 할 것이다. 이와 관련하여 일본 안의 고대불상에서는 이같은 수인의 불상을 거의 찾아볼 수가 없다. 이 점이 우리와 일본 석불과 목불 사이에 큰 차이이며, 동시에 신라불의 특색인 사실을 일본인들이 착각한 것도 이해할 수가 있다.
그후 일본학자가 다시 부석사 본존상의 양식과 수인이 석굴암과 똑같다고 하여 석가불로 판정한 것 역시 잘못이었다. 무량수전의 본존이기에 무량수불 곧 아미타불임은 다시 말할 것도 없다. 이와 같이 신라는 그 자신의 특색을 지니고 있으므로 일률적으로 판정해서는 안될 것이다. 이같은 곳에서도 신라불교의 한 특색을 찾을 수 있다.

세째로, 석굴암과 신라 동해구 유적과의 관계를 들어야겠다. 일찌기, 삼국유사는 이 석굴암은 불구사와 달리 전세의 부모를 위하여 조성된 것이라고 기록하고 있다. 그렇다면, 이미 이 세상을 떠난 선조들의 명복을 빌기 위해 서방 극락정토의 아미타불을 봉안하는 것은 당연하기 때문이다.

이 점은 1967년 5월에 이르러 동해에서 신라의 문무대왕 해중릉이 확인되어 국민의 큰 주목을 받았는데, 이 사실은 석굴암을 건립한 경덕왕의 바로 선왕인 효성왕이 또한 동해에 산골된 기록과 더불어 더욱 주목되어야 할 것이다. 그러므로 경덕왕이나 또는 석굴공사를 담당한 김대성은 모두 같은 김씨왕족의 핏줄관계에서 본다면 문무대왕이나 효서오앙은 모두 그들의 직계 선조 또는 가까운 관계를 맺고 있으면서, 동해에 장사한 두 임금이라 할 수 있다.

그러므로, 이미 설명한 바와 같이, 석굴암이 그 장지인 동해구를 똑바로 바라보고 자리잡고 있는 엄연한 사실은 곧 석굴과 동해가 깊은 관련을 맺고 있는 사실을 오늘에 사는 우리에게 실물로써 가르치고 있다.
고대의 위대한 작품은 비록 글자가 아니 전한다 하더라도 그가 지녔던 큰 뜻을 작품으로 하여금 오늘에 이야기하도록 그에 친숙해야 할 것이다. 그때마다 우리는 노고의 대가로써 과분하게 보답받는 것이다.

끝으로 이 석굴의 본존불인 석불좌상을 아미타불이라고 추정함에 있어서, 그 시대의 배경으로서 신라 8세기 당시의 불교 신앙추세를 생각해볼 만하다.
이때의 믿음은 그에 앞서서 유행했던 미륵신앙을 누르고 아미타신앙이 압도하고 있었다. 신라의 극락정토를 염원하는 아미타신앙을 위하여 신라의 고승이었던 의상이나 원효 같은 고승들이 많은 역할을 담당한 사실도 들어야겠다. 신림,표훈 같은 고승들이 불국사와 석굴암이 완성되었을 때 초청되어서 이곳 초대 주지를 지낸 사실에도 주목해야겠다.

그 까닭은, 이들 두 고승은 모두 의상의 제자들로서 신라의 화엄종을 계승한 유명한 스님들이다. 앞에서 말한 태백산 부석는 바로 신라 화엄종의 중심사찰로서 의상이 7세기 후반에 창건했는데, 그 본존을 아미타불로 삼았다. 이 부석사 본존과 석굴암 본존은 모든 점에서 똑같고, 모두 아미타불로 봉안되어 온 사실을 결코 소홀히 다루어서는 안 될 것이다.

신라불상양식의 계보는 그 배경에 신라불교의 믿음의 변천이 따르고 있으며, 한편 스님의 계보도 함께 따르고 있다는 사실을 아울러 고려해야 한다.

대략 위의 몇가지 이유에서 이곳 본존의 명호는 봉안 당초부터 아미타불 곧 무량수불이었다. 그러므로, 오늘에 이르기까지 동쪽에서 들어와 반드시 서쪽을 향해 대불에 예불하고 있다. 상기한 부석사에서는 남에서 들어와 반드시 90도 몸을 서쪽으로 돌려 서쪽간에 봉안된 본존에 예배한다. 그러므로 동방불이 아니라 모두 서방불을 향하는 것이다.